我院药学部是负责全院药品采购供应及提供药学技术服务的重要医技科室，承担广东医科大学、广东药科大学和肇庆医学高等专科学校等高校的本专科的教学及培训等教学任务。我部与南方医科大学珠江医院成立“珠江专科医疗联盟•药剂科联盟单位”，密切配合临床科室开展合理用药管理、药事质量管理等领域的实践及研究工作，于2019年被中国医药教育协会评为“临床合理用药示范基地”。目前药学部现有药学专业技术人员147人，占全科总人数的86％，其中副高以上高级职称有11人，中级职称57人，初级职称80人，本科学历以上59人。
药学部下设有临床药学科、西药房、中药房、中心药房、静脉药物配置中心和药库，各部门均具有自己的职能作用。
临床药学科配备了13名临床药师，以促进临床合理用药为核心，参与临床查房、处方点评、用药咨询、全院会诊等工作，配套药物精准治疗实验室开展药物基因检测以及治疗药物浓度监测为患者提供个体化药学服务，并被国家远程医疗与互联网医学中心选定为“肇庆协同中心”，逐渐实现与医生、护士形成整体治疗团队的工作模式。临床药师按时完成卫健委抗菌药物监测网的数据上报工作，负责医院药品不良反应数据的收集、整理及上报工作，多年来我院获得市药监局颁发“药品医疗器械安全监测先进单位”荣誉，临床药学工作的开展对我院安全合理用药起到积极促进作用。
西药房是医院为门诊病人提供药学服务的一线窗口，主要承担门诊药房，急诊药房，发热药房的药品配发工作。通过信息平台的建立，取药患者的所有用药信息均实现电脑打印标签，提高了发药效率并减少了调剂差错。2004年门诊药房获得“肇庆市级青年文明号”称号。今年新组建的发热药房的抗疫事迹获得肇庆市最美抗疫事迹三等奖。
中药房负责全院门诊及住院病人中药处方调剂，提供品质有保障的中药饮片约有400多种，为了适应需要，备有免煎单味中药配方颗粒剂可供病人选择，如须煎煮，也可使用中药代煎服务方便于患者。
中心药房承担着目前住院部50多个病区1800多张病床的口服药品调剂工作，通过DIH自动包药机，实行口服药品单剂量摆药和密封包装，提高工作效率，减少污染，方便校对，杜绝差错发生，增强患者用药安全。
静脉药物配置中心是广东省第一家规模较大、并同时拥有住院和门诊的配置中心，实施全院静脉药物集中配置，由专职技术人员在万级洁净、密闭环境中，局部百级洁净的操作台上进行配置，给病人提供无菌、安全和高品质的药品。
药库是药品储存和供应的基地，承担全院药品的采购、储存、保管、供应工作。有严格的药品出入库管理和药品效期管理制度，定期进行药品养护温湿度排查，确保在库药品的质量。
药学部始终坚持以病人为中心，严格执行《药品管理法》及相关政策法规，建立健全了药品质量管理制度，重视对药品采购、供应、质量的管理。充分发挥药事管理委员会的职能，坚持正规渠道购进药品，严格执行国家药品价格政策，加强药品质量管理，杜绝伪劣药品流入医院。通过引入现代化先进设备和运用各种信息管理系统，提高工作效率，促进医疗服务质量，为病人安全用药提供了有力保证。